Muzeum od XIX wieku gromadziło zbiory między innymi poprzez apele do społeczeństwa. Tak, do placówki trafił między innymi kamienny posąg Światowida ze Zbrucza, który jest dziś symbolem krakowskiego obiektu. Podczas badań archeologicznych, prowadzonych przez Muzeum kolekcje systematycznie poszerzały się o kolejne skarby. Wśród najcenniejszych warto wymienić kolekcję zabytków starożytnego Egiptu, wśród których znajdziecie sarkofagi i mumie, w tym mumię zwierząt i mumię zbożowe symbolizujące siłę życiodajną i odradzającą się przyrodę. W sali poświęconej pradziejom i czasom wczesnego średniowiecza Małopolski zobaczymy wyroby z kości i ciosów mamuta, które zostały odkryte w Jaskini Mamutowej. Zwiedzających na pewno zainteresuje grób kurhanowy wojownika huńskiego z Jakuszowic, która leży koło Kazimierzy Wielkiej. To bardzo ciekawy pochówek młodego mężczyzny z V wieku wraz z bardzo cennymi bogato zdobionymi przedmiotami, między innymi bronią i ubiorą. Warto też poznać tajemnice skarbu z Nowej Huty oraz przepiękne i egzotyczne tkaniny z Peru. Wokół muzeum znajdują się piękne ogrody, w których można odpocząć.